PDF com tamanhos de página diferentes podem ser juntados?
Podem, e o resultado é um PDF perfeitamente comum. A expectativa de que tudo precisa combinar vem do papel, não do formato.
Tamanho é propriedade da página
Em um PDF, as dimensões não são uma configuração do documento. Cada página carrega a própria caixa: sua largura, sua altura e sua rotação. O documento é uma lista de páginas, e nada nessa lista exige que elas concordem entre si.
Então um único PDF válido pode conter um relatório em A4, uma fatura em US Letter digitalizada no exterior, uma planilha deitada e uma página com uma foto quadrada. Os leitores lidam com isso sem reclamar: encaixam cada página na janela conforme ela chega.
Por que uma junção não precisa normalizar nada
Como os tamanhos moram nas páginas, copiar páginas para um documento novo leva os tamanhos junto. Não existe formato comum para o qual converter nem decisão alguma a ser tomada pela ferramenta.
Forçar um formato único seria a opção destrutiva. Reduzir uma planilha deitada para caber em uma página em pé encolhe o texto dela; esticar uma página Letter até o tamanho A4 acrescenta uma margem que nunca estava no documento. As duas coisas mudam a aparência da página para satisfazer uma arrumação que o formato nunca pediu.
Quando você ainda pode querer que elas combinem
Existe um motivo honesto para se preocupar: imprimir. A bandeja da impressora acomoda um tamanho de papel só, e um documento misturado ou é escalado pela caixa de diálogo de impressão ou sai no papel que estiver carregado.
Essa é uma decisão de impressão, e o lugar dela é na hora de imprimir — nas opções de escala do próprio diálogo — e não gravada de forma irreversível no arquivo. Um documento que só vai ser lido na tela não perde nada por ser misturado.
O que é preservado
Junto com o tamanho, cada página mantém sua rotação. Uma página que estava deitada porque tinha sido girada continua assim no resultado, e virá-la depois continua sendo uma mudança que afeta apenas aquela página. Veja reordenar as páginas antes de juntar para fazer isso na mesma passada.
Como fazer no Merge PDF
Adicione PDF de quaisquer tamanhos. A grade mostra cada página nas proporções dela, então uma folha deitada aparece visivelmente deitada antes de você salvar. Juntar PDF escreve um documento único em que cada página mantém o tamanho e a rotação com que chegou — nada é redimensionado para combinar. Veja se juntar custa qualidade para a pergunta relacionada.
Junte seus PDFs no navegador → Merge PDF